Station Amsterdam Muiderpoort fungeerde tijdens de Duitse bezetting van Nederland als één van de deportatieplaatsen waarvandaan joden naar Kamp Westerbork werden gedeporteerd. Het eerste transport vanaf hier vertrok op 3 oktober 1942, het laatste op 26 mei 1944. In totaal zijn er ruim 11.000 vervolgden vanaf hier naar Kamp Westerbork afgevoerd.